เรื่องราวของ Call of Duty: Modern Warfare จะเกิดขึ้นในช่วงเวลาปัจจุบัน เหตุการณ์ทั้งหมดจะเกิดขึ้นในปี 2019 (ปีเดียวกันกับที่เกมออก) และมีเนื้อเรื่องเสริมใน Special Ops ที่เป็นโหมดผู้เล่นหลายคนด้วย แต่วันนี้เราจะมาเน้นกันที่เกมหลักกันก่อน เพื่อทำความเข้าใจถึงภาพรวมของตัวเกมภาคแรก

ในช่วงแรกผู้เล่นจะได้รับบทเป็น Alex เจ้าหน้าที่ซีไอเอที่เข้าร่วมกับหน่วยนาวิกโยธิน ในการปฏิบัติภารกิจลักลอบเข้าไปนำแก๊สเคมีพิษออกมา เพื่อป้องกันไม่ให้มันตกไปอยู่ในมือของผู้ก่อการร้ายแลอาจเป็นอันตรายต่อความมั่นคงของโลก ภารกิจนี้เสร็จสินไปได้ด้วยดี แต่ขากลับพวกเขากลับถูกโจมตีจากกองกำลังลึกลับและขโมยแก๊สเคมีพิษไป Alex เกือบถูกฆ่า แต่เมื่ออีกฝ่ายพบว่าเขาเป็นทหารของอเมริกาจึงยั้งมือไว้ เบาะแสทุกอย่างเริ่มต้นจากตรงนี้ที่ว่าอเมริกาอาจมีเอี่ยวด้วย

กองทัพอเมริกาเมื่อทราบเรื่องราวก็็ถึงกับอยู๋ไม่สุข เพราะถ้าข่าวคราวรั่วไหลออกไป อเมริกาจะตกเป็นเป้านิ่งแน่นอน งานนี้นายพลหญิง Lyons จึงมีคำสั่งให้ Kate Laswell จัดการปัญหานี้ และเมื่อหาทางจัดการไม่ได้ Laswell จึงต้องขอความช่วยเหลือไปยังเพื่อนเก่าของเธอ ซึ่งก็ไม่ใช่ใครอื่นแต่เป็นผู้กองหน่วย SAS อย่าง John Price ให้เข้ามาช่วยจัดการปัญหานี้

แต่ยังไม่ทันที่ Price จะได้ทำอะไร กลุ่มก่อการร้าย Al-Qatala ก็เริ่มบุกจู่โจมใจกลางเมืองลอนดอน แม้จะมีกองกำลังหน่วย CTSFO มาช่วย แต่ก็มีผู้บริสุทธิ์และเหล่าเจ้าหน้าที่โดนโจมตีจนเสียชีวิตไปเป็นจำนวนมาก กองกำลังของ Price มาถึงได้ทันเวลา แต่ก็ยังเกิดการสูญเสียขึ้นอยู่ดี เมื่อมีการจับเอาตัวประกันติดระเบิดเอาไว้ ทำให้ Price ต้องยอมเสียสละคนส่วนน้อยเพื่อคนส่วนมาก แน่นอนว่าการทำแบบนี้ย่อมไม่ได้ทำให้ทุกคนพอใจนัก กับการที่ต้องมีคนตายเป็นจำนวนมาก

Alex มาสืบสวนเหตุการณ์ต่อ ได้มาพบกับกองกำลังต่อต้านในประเทศสมมติอย่าง Urzikstan และพบกับ Farah Karim - Alex จะต้องช่วยเหลือกองกำลังต่อต้าน ต่อสู้กับกองทัพรัสเซียที่เข้ายึด Urzikstan อยู่ เพื่อแลกกับความช่วยเหลือจากกองกำลังต่อต้านในการค้นหาเบาะแสแก๊สเคมีที่หายไป ส่วนฝั่งของ Price เองก็ได้เบาะแสเป็นกลุ่มก่อการร้ายที่กบดานอยู่ใน Camden - Garrick และ Price จึงรวมทีมเข้าจู่โจมทันที และแหล่งกบดานนี้เป็นเบาะแสชิ้นสำคัญว่าผู้นำของกลุ่มก่อการร้าย Al-Qatala นั้นอยู่ที่โรงพยาบาลใน Urzikstan นั่นเอง Price และ Garrick จึงมุ่งหน้าไปยัง Urzikstan ซึ่งเป็นสถานที่ที่ Alex กำลังปฏิบัติการอยู่ด้วย

ตัดกลับมาที่ Alex ร่วมมือกับ Griggs จนเข้าจับตัว Wolf หัวหน้ากลุ่ม Al-Qatala ได้ในที่สุด พร้อมนำตัวกลับมายังสถานทูตอเมริกา แต่ Wolf ไม่ยอมเอ่ยปากบอกข้อมูลใด ๆ ซ้ำร้ายพวก Al-Qatala ยังเนียนปลอมตัวเป็นประชาชนเข้ามาก่อเหตุร้ายหน้าสถานทูต เวลาประจวบเหมาะอีกครั้งที่ Price และ Garrick มาถึงพอดี การปะทะกันสุดเดือดหน้าสถานทูตจึงเปิดฉาก แถมมีการสังหารโหดที่ทำให้ประชาชนและเด็กถูกฆ่าอย่างโหดร้ายจากฝีมือของ The Butcher รองหัวหน้ากลุ่ม Al-Qatala ท้ายที่สุดแม้จะป้องกันสถานทูตเอาไว้ได้ แต่ Wolf เองก็หนีไปได้เช่นกัน

Alex ตามกลับมาร่วมมือกับ Farah เพื่อตามล่า Wolf ต่อ แม้การดักโจมตีกลุ่มของ Wolf จะได้ผล แต่โชคร้ายที่กองกำลังรัสเซียดันผ่านมา ทำให้การปะทะกันยืดเยื้อเข้าไปอีก Hadir น้องชายของ Farah ตัดสินใจใช้อาวุธลับก็คือแก๊สเคมีที่หายไป ทำให้ทุกคนรู้ทันทีว่าคนที่ขโมยแก๊สพิษมาก็คือ Hadir นั่นเอง เขาฝากให้ Alex ดูแล Farah ก่อนจะหลบหนีไป ในขณะที่ Farah หมดสติเพราะแก๊สพิษ เธอฝันถึงเหตุการณ์สุดเลวร้ายสมัยที่เธอยังเป็นเด็ก เพราะกองกำลังรัสเซียบุกเข้ามาฆ่าประชาชนอย่างโหดเหี้ยม ใช้แก๊สพิเษจู่โจม และสังหารทีละคน พ่อแม่ของ Farah และ Hadir ก็ตายจากเหตุการณ์นี้ ทำให้เป็นปมความแค้นของพวกเธอกับกองกำลังรัสเซีย

เมื่อ Farah ตื่นขึ้นมา ก็ตัดสินใจเข้าร่วมกับกองกำลัง SAS เพื่อตามไปจัดการน้องชายตัวดีของเธอ ทำใหความจริงเผยอีกว่า Hadir แอบติดต่อกับกลุ่มก่อการร้าย Al-Qatala มาโดยตลอด Price กับ Alex จึงตามไปจัดการเรื่องนี้ที่ Takkari แต่กลับไม่เจอตัว Hadir แต่เจอ Wolf แทน ซึ่งจุดนี้ก็ทำให้สามารถจัดการปลิดชีพ Wolf ลงได้ แต่ก็ยังเหลือตัวการอีกตัวอย่าง The Butcher อยู่ แถม Farah ยังถูกทางการอเมริกาหมายหัวเป็นผู้ก่อการร้าย เพราะสิ่งที่น้องชายเธอทำเอาไว้ Alex จึงถอนตัวไปเข้าร่วมกับพวกของ Farah แทน และจะมีการย้อนอดีตของ Farah เพิ่มเติมอีกเล็กน้อย

Price กับ Laswell กำลังวางแผนภารกิจครั้งใหม่ ซึ่งคราวนี้พวกเขาคิดว่าอาจมีการก่อการร้ายที่รัสเซียอย่างกรุงมอสโคว ด้วยการใช้แก๊สพิเษอีกครั้ง Price จึงมุ่งหน้าไปกับ Garrick และไปเจอเพื่อนเก่าอย่าง Nikolai เพื่อตามหาตัว The Butcher ท้ายที่สุดก็จับตัว The Butcher มาแบบตัวเป็น ๆ ได้ แต่มันก็ไม่ยอมปริปากให้ข้อมูลใด ๆ Price จึงใช้วิธีสุดโหดอย่างการเอาตัวลูกเมีย The Butcher มาข่มขู่ ทำให้เรารู้ว่า Hadir กับแก๊สพิษนั้นอยู่ที่ Karetka Theater ที่เป็นที่ซ่อนตัวของนายพล Barkov ที่เป็นคนฆ่าพ่อแม่ของสองพี่น้อง Karim

Price และ Garrick ตามไปถึง Maldova และพบตัว Hadir พร้อมกับรู้ถึงตำแหน่งโรงงานผลิตแก๊สพิษของนาพล Barkov และพา Hadir หลบหนีไปทางท่อระบายน้ำ แต่ Laswell แจ้งว่าทางรัสเซียเองก็ต้องการตัว Hadir ด้วย เพราะทั้งเขาและกลุ่ม Al-Qatala นั้น สร้างความเสียหายไว้มากเหลือเกิน ทำให้ Price ไม่มีทางเลือกต้องส่งตัว Hadir ไปก่อน Price จึงหันไปขอความช่วยเหลือจากกองกำลังต่อต้านของ Farah และ Alex โดย Farah ขอไว้ว่าถ้า Barkov อยู่ที่นั่น เธอขอเป็นคนฆ่าเขาเอง

ปฏิบัติการบุกถล่มโรงงานผลิตแก๊สพิษจึงเปิดฉาก แต่ในขณะบุกโจมตี ตัวจุดชนวนระเบิเกิดผิดพลาด Alex จึงตัดสินใจจะสละชีวิตเพื่อระเบิดโรงงานนี้ทิ้ง Price และ Garrick บุกเข้าไปวางระเบิดในโรงงานสำเร็จ นายพล Barkov หนีขึ้นเฮลิคอปเตอร์ได้ แต่ยมทูตตัวจริงอย่าง Farah ก็ได้แอบตามเขาขึ้นไปด้วย และเธอก็ลงมือสังหาร Barkov ล้างแค้นได้สมใจ แต่ Alex ก็สละชีวิต แต่แก๊สพิษก็ถูกทำลายไปตามเป้าหมาย แต่ดูเหมือนว่าสงครามที่แท้จริงกำลังจะเปิดม่านขึ้น

ช่วงท้ายเกม จะมีการก่อตั้งทีมต่อต้านการก่อการร้าย โดย Price จะเป็นผู้คัดเลือกสมาชิกหน่วยคนใหม่ เพื่อเตรียมรับมือกับลูกชาย Zakhaev ที่อยากขึ้นมาเป็นใหญ่แทน Barkov ส่วน Price ก็คัดเลือกสมาชิกใหม่เข้ามา พร้อมก่อตั้งชื่อหน่วยพิเศษนี้ว่า 141 เป็นอันจบเรื่องราวเกมภาคนี้

อย่างไรก็ตามเนื้อเรื่องยังมีการเล่าต่อใน Specials Ops และ Warzone ซึ่งเราจะคอยสรุปมาให้ทีหลังต่อไป